期限後申告になってしまうこともあります。
「元から申告するつもりがなかった」というような人は除いて、忙しかったり、どうやって申告すればいいのか分からずそのまま・・といったケースも。
消費税は売上の消費税から経費でかかった消費税を引き算して計算します。（原則課税）
経費でかかった消費税を引くには、「帳簿に記載＋事業年度（年）※の翌月2か月から7年間保存」が義務となっています。
※消費税的には課税期間
2か月以内に申告納税となります。
期限後ということは2か月を超えているということ。帳簿は申告期限内に保存されていなかったことになります。
そのため調査で仕入税額控除が認められない（つまり、経費の消費税を引き算できない）事例がありました。
でも、本来は期限後申告となっても仕入税額控除は認められることがほとんどです。
税務署も鬼ではないので。
事例には書いてなかったので分かりませんが、調査に非協力的だったのかな・・とか思ってしまいます。調査官も人間です。
認めなかった理由は何かしらあるのではないかと思ってしまいます。
とはいえ、仕入税額控除の要件はあるので期限内に適正に申告しておく必要がありますね。
