会社の本店移転をしたときは、管轄の税務署が変わることのほうが多いです。
同一区内であれば同じ税務署ということもあり得ますが。
決算日の後（申告月の前）に会社が移転した場合
決算から2か月以内に申告と納税する必要があります。
決算日のあとに会社を移転した場合です。
決算日と申告月の間に移転。
A県からB県に会社を移転させたら
・法人税→B県
・地方税→A県
| 決算日 | 引越（移転） | 申告月（2か月以内） | |
| 法人税（税務署） | B県 | ||
| 地方税（県税、市役所） | A県 |
決算日の前に会社が移転した場合
決算日より前に会社が移転した場合です。
A県からB県に会社を移転させたら
・法人税→B県
・地方税→A県とB県
| 引越（移転） | 決算日 | 申告月（2か月以内） | |
| 法人税（税務署） | B県 | ||
| 地方税（県税、市役所） | A県とB県 |
まとめ
1つ目の事例よりも２つ目のほうが多いと思います。
法人税は移転後の税務署に提出し、地方税は事業年度に事務所があった県や市町村に提出です。
